管理部门：党委办公室、党委组织部、党委宣传部（社会科学处、新闻与文化传播中心）、党委统战部、纪检监察处、学生工作部（学生处、学生就业指导中心、学生心理健康辅导中心）、校长办公室、人事处、教务处（教师发展中心）、科技处、研究生院、国际交流合作处（港澳台事务办公室）、财务处、审计处、资产与实验室管理处、基建处、保卫处（保卫部、武装部）、离退休人员工作处、后勤管理处。

教学机构：基础医学院（中医基础研究所）、中药学院（中药研究所）、针灸康复临床医学院、护理学院、经济与管理学院、马克思主义学院、外国语学院、医学信息工程学院、继续教育学院（职业技术学院、广东省中医药职业学院）、体育健康学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、国际学院。

科研机构：临床药理研究所、热带医学研究所、脾胃研究所、高等教育研究所（中医药发展研究中心）、中药资源科学研究与工程中心、国际中医药转化医学研究所、青蒿研究中心、华南针灸研究中心。

教辅部门：实验动物中心、期刊中心、信息中心、招标中心、图书馆、医院管理中心、后勤集团。

附属单位：第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院、附属粤海医院、资产经营有限公司

直属单位：广东中医药博物馆、广州中医药大学中医药数理工程研究院

党群组织：工会、团委